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CRISPR: Parallele Genanalyse

© Paul Dattlinger, CeMM

Wiener Forscher haben eine Methode auf Basis der CRISPR-Genschere entwickelt, mit der sich gleichzeitig die Genaktivität zigtausender Zellen analysieren lässt.

Um die komplexen Abläufe der Genregulation einer Zelle sichtbar zu machen, war es bislang nötig, Zellen nach genetischer Veränderung separat zu kultivieren und einzeln auf ihre Genaktivität zu untersuchen – ein teurer und zeitaufwendiger Prozess. Die Arbeitsgruppe von Christoph Bock, Genomforscher am CeMM Research Center for Molecular Medicine in Wien, hat jetzt die CRISPR-Methode mit einer Spezialtechnik der Einzelzell-Sequenzierung kombiniert und damit eine Separierung der Zellen vor Genaktivitätsanalyse überflüssig gemacht.

Die Wiener Forscher entwarfen eine Genfähre, welche die CRISPR guide-RNA (gRNA) für anschließende RNA-Sequenzierungen sichtbar macht. Sie veränderten ihre gRNA so, dass sie in ein mRNA-Transkript integriert wurde. Werden die Zellen dann per Einzelzell-Sequenzierung, der sogenannten droplet-RNA-Sequenzierung analysiert, fungiert die veränderte gRNA als Hinweis, wie das Genom der sequenzierten Zelle zuvor verändert wurde. So lassen sich tausende von Zellen parallel auslesen und analysieren.

Mit der „CROP-seq“ (CRISPR droplet sequencing) genannten Methode – veröffentlicht im Fachblatt Nature Methods  wollen die Forscher in den nächsten Jahren die erste vollständige Karte der Genaktivität aller 23.000 Gene des menschlichen Genoms erstellen. Am CeMM jedoch werde man die neu entwickelte Methode zunächst nutzen, um das Zusammenspiel von genetischen und epigenetischen Faktoren bei der Entstehung von Blutkrebs zu untersuchen, so Bock.

© transkript.de/hm