Börner leitet die Forschungsgruppe Ressourcengenetik und Reproduktion am Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung (IPK) in Gatersleben. Innerhalb der EUCARPIA  ist er Repräsentant der deutschen Mitglieder der Gesellschaft und seit 2012 Leiter der Sektion Getreide. Er wird sein Amt 2020 antreten. Die gemeinnützige EUCARPIA wurde 1956 in Wageningen gegründet und hat mehr als 1.000 Mitglieder in 11 Sektionen und spezialisierten Arbeitsgruppen. Ihr Ziel ist die Förderung der wissenschaftlichen und technischen Zusammenarbeit auf dem Gebiet der Pflanzenzüchtung.

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