Farbstoff-Labels für Proteine per KI

Für den Nachweis und die Messung  von Protein-Protein-Interaktion ist die Markierung mit Farbstoffen erforderlich – idealerweise ohne die Bindungsstärke zu beeinträchtigen. Die im April von NanoTemper Technologies und dem vor zwei Jahren gegründeten Spezialisten für 3D-Proteinstrukturanalyse-Software PharmaAI GmbH entwickelte webbasierte Software Proto ermittelt nun den geeigneten Farbstoff.

Einspeisen lassen sich Proteinstrukturen aus der RCSB-Protein-Datenbank oder aus der AlphaFold der Google-Tochter DeepMind. Insgesamt greift Proto damit auf über 700.000 Proteinstrukturen zurück. Nach der Auswahl des Proteins wählen Proto-Nutzer zusätzlich die Bindungsstelle oder das Molekül, das ans Zielprotein binden soll. Mit diesen Eingaben vergleicht die Software mögliche Markierungsoptionen, leitet die am wenigsten störende Variante ab und gibt Empfehlungen für die Messung. Die virtuelle Vorauswahl hilft, teure Validierungskosten einzusparen, die durch Austesten im Labor anfallen.